Existen muchas distribuciones de Linux las cuales suelen ir acompañadas de diferentes gestores de paquetes. Algunos de estos pueden tener una interfaz gráfica de fácil instalación y en general con instalar la version base sería suficiente para usar la mayoría de los paquetes estandar de R.
Esta versión que viene en los diferentes sistemas suele estar desfasada de la versión en CRAN por lo que se pueden descargar versiones compiladas directamente de esta pagina. He incluso una mejor aproximación, que depende de la distribución que manejemos, es incluir los repositorios CRAN correspondiente a nuestra versión que tienen la ventaja de actualizarse continuamente.
Esto es importante ya que los paquetes en R se encuentran en constante desarrollo y tener una versión antigüa de R puede restringir las dependencias necesarias para las nuevas versiones de paquetes.
Nota: Actualizar los paquetes puede tener consecuencias negativas en algunos desarrollos. Ya que puede ocurrir que algún paquete deje de funcionar, funcione de forma distinta e incluso cambie los argumentos que requiere. Por lo que la actualización de R debe tomarse con precaución.
Con tantas distribuciones de Linux tendremos que acotar a tres de las mas populares Debian, Ubuntu y Fedora. Sin embargo estas tres distribuciones presentan cierta compatibilidad con distribuciones “hijas”. Siendo Ubuntu una distribución hija de Debian. A su ves como indica CRAN en su pagina, Los repositorios de Fedora suelen ser compatibles con:
Toda la información de instalación se puede encontrar en multitud de paginas en ingles así como en el sitio web de CRAN. Siendo este un ejercicio donde se condensa y traduce algunas de estas instrucciones. Ademas de preferir el uso de la terminal dado que son independientes del gestor de ventanas que se tenga configurado.
La instalación del R incluido en el sistema operativo es directa, simplemente abriendo una terminal se ejecuta:
sudo apt install r-baseCon esto se instalará, siempre que este conectado a internet, todo el sistema de archivos que forman parte de R.
En caso de instalar la versión mas reciente de R se necesita dar de alta el repositorio en el archivo de configuración. Actualizar los repositorios para que Ubuntu registre los paquetes disponibles para la instalación reciente de R. Y pot último instalar el paquete de r-base.
Seguir estos pasos requiere contar con los permisos de instalación en el sistema, que en esta distribución estan asociados a poder ejecutar el comando sudo.
La inserción del repositorio se puede hacer mediante la creación de un archico en /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list donde r-cran.list es el nombre del archivo que nosotros determinamos. Esto se puede hacer con nano en la terminal o mediante un editor de texto como el de gnome. Sin embargo al hacerlo debemos encontrar el codename del ubuntu que tenemos instalado. Para saberlo podemos usar el comando lsb_release -c que nos lo muestra.
Sin embargo podemos simplicar el proceso con el siguiente comando:
sudo echo "deb https://cran.itam.mxbin/linux/ubuntu $(lsb_release -c -s)/" > /etc/apt/sources.list.d/r-cran.listEste comando en automático obtiene y coloca el codename de nuestro sistema para luego guardarlo en el archivo r-cran.list. En caso de no funcionar, será necesario hacerlo mediante un editor, es preferible no insertar el repositorio en el archivo principal /etc/apt/sources.list que a diferencia de r-cran.list es donde estan las direcciones de actualización del sistema. Ademas si algo sale mal, sera solo cuestion de borrar el archivo con el comando rm /etc/apt/sources.list.d/r-cran.listy volvemos al estado anterior de los repositorios.
Una vez ejecutado este código y si no muestra error alguno actualizamos necesitamos agrega una llave. Esto se debe a que los repositorios en Linux estan firmados para que sean seguros. Esto se realiza con el comando:
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9los repositorios:
sudo apt updateLuego simplemente instalamos el paquete de igual forma que cuando se instala el que viene incluido en el sistema de archivos:
sudo apt-get install r-basePosibles Errores: Si durante el proceso de update tenemos un mensaje que reporta la imposibilidad de alcanzar la dirección de CRAN es probable que durante el proceso de inserción hayamos cometido un error. Sera cuestion de borrar el archivo y repetir el proceso, quiza cambiando a mano el codename. Así que deberemos reintentar la inserción de la dirección del repositorio. Otro error esta relacionado con la llave. En este caso el proceso arroja un error de que la llave no coincide, junto con otro número como
E084DAB9copiamos ese número y usamos en el comando mencionado para la llave.
Mas información en CRAN-Ubuntu
En el caso de R se ha mantenido el paquete mas reciente en los repositorios que vienen con el sistema. En especial en Debian sid tenemos la versión de CRAN el paquete se instala con los ya conocidos comandos:
sudo apt update
sudo apt install r-basePara mas información podemos consultar la pagina CRAN-Debian
Por cierto, el artículo menciona la instalación de librerías que permiten un mejor desempeño de las operaciones de algebra lineal. Esta mejora es visible en operaciones de alta demanda matemáticas y para su instalación solo se necesita sudo apt install libopenblas-base Existen otras alternativas para mayor información podemos consultar esta publicación.
El caso de Fedora es muy parecido al caso de Debian pues los paquetes de R se encuentra actualizados y con solo el comando
sudo yum install RSe puede installar R en su versión mas reciente. Sin emabrgo al parecer este paquete/metodo permite la instalación en otros sistemas similares a Linux RedHat gracias a que fueron portados por EPEL.
Estos se instalan dependiendo de que Entreprise Linux se tenga para EL6:
su -c 'rpm -Uvh http://download.fedoraproject.org/pub/epel/6/i386/epel-release-6-8.noarch.rpm'Para EL7:
u -c 'rpm -Uvh http://download.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/e/epel-release-7-10.noarch.rpm'Para mas información CRAN-Fedora
Esta guía no pretende hacer una descripción exahustiva de todos los métodos de instalación de R, su intención es condensar de manera sencilla los principales métoos de instalación por ello se adjuntan referencias que ahondan en los procesos señalados. Sin embargo cualquier aportación sera bien recibida.
Hasta el momento se ha instalado el paquete r-base, este cuenta con los paquetes indispensables para la ejecución de scripts y secuencias de comandos en la consola. Ademas con base en esta instalación se pueden agregar paquetes que nos permitiran expandir la funcionalidad del lenguaje
Sin embargo algunos paquetes no se pueden instalar directamente y requieren ser compilados, para esto seran necesarias librerías de desarrollo propias de R e incluso en alguna ocasión librerías del sistema operativo. Para el primer caso, es necesario instalar el paquete r-base-dev
sudo apt install r-base-devEl segundo caso cuando las dependencias son propias del sistema operativo, el método depende de la distribución.